一宗多年前的杀人案浮出水面，牵出一个在逃的杀手，六扇门捕快张一和刘魁联手侦查，发现案中有种种蹊跷，就在案情逐渐大白时，刘魁和张一的身份也浮出水面，刘魁为了张一牺牲了自己，而张一则决定和过去诀别。

　　多年前一次失误，捕头周冲多名部下丧命玄铁镖，周冲也一蹶不振。最近内阁大臣蒋进之女遭绑架，案发现场竟发现了玄铁镖踪迹，周冲请命重回六扇门，顺藤摸瓜打入敌穴，救出蒋进之女，并一步步接近当年阴谋的真相……

　　神秘杀手杀死琴馆盲女，引出了逃亡在外的唐珂。追查中张一发现，仍有十枚毒火球流落江湖，并被一个女杀手计划用来除掉朝中反对魏忠贤的一干忠臣！危急时刻，玄武小组再次出战，而唐珂也由此将了结唐门的血海深仇。

　　明朝中叶，皇帝怒查军粮亏空，钦定为空印案。三法司衙（俗称六扇门）奉命追查，以季同归为首的捕头反被陷害，无奈之际隐姓埋名继续追查。案件明朗，东厂提督与国相先后叛乱，危难之际六扇门联合锦衣卫挺身而出。

　　张一奉命执行一项任务，不想却中了圈套。周冲带着祝英前去营救，里应外合救出张一，并从倭寇手中救出数名村民，将倭寇头子竹下一郎正法，投敌叛国的将军刘猛受到惩罚。周冲和张一祝英正式组成“玄武”小组。

　　高丽叛军突起，大明援其火器并由高丽将军崔代元押送，不料途中被劫，六扇门玄武小组调查发现是监守自盗盖因崔之义女被叛军绑架，陷崔于两难境地。玄武小组为崔打动，誓在追回火器的同时救出人质，保其忠义两全！

　　世代研究医术的神木族少年木星尘，救下误闯领地的医药世家之女叶云裳，为逃避皇族内斗而随她一起来到民国乱世，却遇上罕见瘟疫，木星尘凭借青囊术拯救了众生和本族，经历各类诱惑与爱情的考验，最终成为一代医尊，最后他放弃王位，和…

　　该片根据内村光良在2011年担当导演、原作、剧本、以及主演的舞台剧《出生在东京奥运的男人》进行改编，讲述了出生在1964年东京奥运年的主人公秋田泉一（内村光良饰），由于在年轻时获得过赛跑比赛冠军，令他产生渴望登上世界最高领奖…